Предупреждения и finally

Предупреждение сообщает о проблеме, не останавливая выполнение: функция возвращает значение, а R выводит предупреждение в конце. as.numeric() выдаёт предупреждение для текста, который не является числом, и возвращает NA:

x <- as.numeric("abc")
print(x)

Вывод:

[1] NA
Warning message:
NAs introduced by coercion 

Как и ошибки, предупреждения выводятся в поток ошибок, поэтому на Coddy они приводят к провалу теста. suppressWarnings() подавляет их, когда вы самостоятельно проверяете результат, а tryCatch(..., warning = ) преобразует предупреждение в значение:

x <- suppressWarnings(as.numeric("abc"))
print(is.na(x))
r <- tryCatch(as.numeric("abc"), warning = function(w) paste("warned:", conditionMessage(w)))
print(r)

Вывод:

[1] TRUE
[1] "warned: NAs introduced by coercion"

warning("message") вызывает предупреждение из вашего собственного кода. Обработчик для него работает так же, как обработчик ошибки:

ratio <- function(a, b) {
  if (b == 0) warning("b is zero, returning Inf")
  a / b
}
r <- tryCatch(ratio(1, 0), warning = function(w) conditionMessage(w))
print(r)

Вывод:

[1] "b is zero, returning Inf"

finally = ... выполняется после выражения и любого обработчика, независимо от того, произошла ошибка или нет. Используй его для действий, которые должны выполняться всегда, например для вывода сообщения о завершении:

load <- function(x) {
  tryCatch({
    if (x < 0) stop("negative")
    x * 10
  }, error = function(e) NA,
  finally = cat("finished", x, "\n"))
}
print(load(2))
print(load(-1))

Результат:

finished 2 
[1] 20
finished -1 
[1] NA