Затухание

modulate — это Color с четырьмя составляющими: красной, зелёной, синей и альфа-каналом (a). Альфа-канал определяет, насколько непрозрачным выглядит узел. Значение 1 означает полную непрозрачность, а 0 — невидимость.

Чтобы анимировать одну составляющую свойства, укажи её после двоеточия:

var tween = create_tween()
tween.tween_property(self, "modulate:a", 0.0, 1.0)

"modulate:a" — это одно число, поэтому конечное значение — 0.0. Красный, зелёный и синий каналы остаются без изменений. Это также работает с "position:x" и "scale:y".

Плавное исчезновение — это не то же самое, что visible = false. Узел остаётся видимым, но становится полностью прозрачным.